Благодаря своему биологическому разнообразию и уникальности природных комплексов заповедник имеет исключительную значимость не только для Беларуси, но и для всей Европы в целом. Здесь присутствуют четыре типа экосистем: густые леса, топкие болота, быстротечные водоёмы и чистые луга. Основным типом являются леса, занимающие около 89 % территории заповедника. Особый интерес представляют аборигенные естественные лесные формации сосновых, черноольховых и пушистоберёзовых болотных лесов, существующих как обширные болотные массивы (от 10 до 20 тыс. га).

Естественные болота заповедника (Каролинское болото и др.) занимают 43 000 га, что делает его одним из крупнейших болотных массивов в Европе.
Кроме Березины, которая течёт по заповеднику на протяжении 110 километров и которую питают более 50 мелких притоков, в заповеднике есть много больших и малых озёр. Среди них — Палик (712 га), Плавно (332 га), Домжерицкое (191 га), Манец (113 га), Пострежское (40 га), Московица (16 га). Общая площадь водоёмов — более 2000 га.

К историческим достопримечательностям заповедника относятся древние курганы, Березинская водная система (один из древних торговых путей из «варяг в греки»), места сражений Отечественной войны 1812 года.